ネオアンチゲンとは、がん細胞で起こる遺伝子変異により、新たに出現した抗原（がんの目印）のことです。細胞はがん化する過程で遺伝子が変異しますが、変異したアミノ酸から作られる変異タンパク質が細胞の中でペプチドに分解され、抗原として細胞の表面に現れます。こうしたアミノ酸変異部位を含む抗原（ペプチド）は正常な細胞には存在せず、がん細胞のみに新たに出現することからネオアンチゲンと呼ばれます。正常細胞にも存在するタンパク質の中にも、がんに関連するタンパク質（腫瘍関連抗原）はありますが遺伝子変異はしていないため、自己として免疫に認識されており、免疫寛容が成立しているため強い免疫反応は起きません。一方、遺伝子変異によってできた抗原、ネオアンチゲンは本来体の中に存在しない「非自己」であるため高い免疫反応が起きると考えられます。また遺伝子の変異は患者さまごとに異なるため、ネオアンチゲンも患者さま一人ひとりによって異なります。