アミノ酸が50個程結合したものをいいます。
それ以上結合したものがタンパク質と呼ばれます。
樹状細胞に貪食（取り込まれた）されたがんのタンパク質は、アミノ酸が10個程度(ペプチド)にまで消化されます。
消化されたペプチドは細胞内でHLAと結合し、樹状細胞の細胞膜表面に運ばれ、T細胞に提示されることになります。

樹状細胞ワクチン療法では、樹状細胞の細胞膜上にがんのペプチドとHLAが結合した分子が提示されている状態で患者さまに投与されます。
樹状細胞によって提示されたがんのペプチドを認識したT細胞のみが、増殖し活性化します。
このT細胞によってがん細胞への攻撃が行われます。
ペプチドなどを用いた人工抗原樹状細胞ワクチン療法は、がん特有の抗原（ペプチドを人工的に合成したもの）を樹状細胞に与えてから、ワクチンを作製し、これを体内に投与する方法です。
なお、人工抗原樹状細胞ワクチン療法は、患者さまのがんの抗原と人工抗原とが合致する必要があるため、患者さまのHLAの型によっては実施できない場合があります。